Sin embargo, durante la ejecución de esa obra se produjeron lesiones en las zapatas de dos de los pilares, sobrevenidos tras la excavación arqueológica, pues afectaron a las preconsolidaciones provisionales mediante rejuntados que se venían haciendo durante esa excavación. Estas fisuraciones venían a indicar la pérdida casi total de capacidad resistente de los cimientos antiguos, con el correspondiente riesgo de colapso por fallo de sobrecompresión, lo cual no se puede impedir con la obra de encamisado efectuada. Por ello se procedió al apeo de la Catedral por encima de los pilares afectados, construyendo sendos castillos metálicos de doce metros de altura que soportaban la pieza de salmer de los arcos perpiaños de las naves laterales y los diafragmas entre éstas y la central. Estos castillos fueron capaces de cargar por sí mismos con el peso completo de la parte de la Catedral afectada, impidiendo en cualquier caso su posible ruina.  Tras la reparación de todos los cimientos y su acodalado con arcos transversales, se desmontaron también.