En paralelo a esa reparación de cimientos y restitución del piso de la Catedral, se efectuó también el acondicionamiento de la cripta inferior de la Capilla del Santo Cristo como panteón funerario de los obispos de la Diócesis de Vitoria, creando un acceso mediante una escalinata a la galería de acceso, existente aunque desconocida hasta el momento de la excavación arqueológica efectuada en los años 2002-2004, y al propio espacio semisubterráneo bajo la capilla, ya anteriormente empleado como espacio funerario, quizá por los propios fundadores de la Capilla. En ese espacio se ha instalado una cámara funeraria de bronce capaz de albergar hasta nueve sarcófagos con los restos de los obispos vitorianos fallecidos hasta el momento (6) y en el futuro.