Una vez completada la excavación arqueológica de la cabecera y realizada la consolidación estructural básica de la misma zona, se acometió la recuperación funcional de esta parte del edificio, proveyendo a la Catedral de un nuevo suelo en el nivel del templo y de una serie de espacios nuevos visitables bajo él.

En los sótanos se ha realizado un conjunto de bóvedas de cantería a la altura intermedia del espacio total ganado en excavación (unos 8 metros de altura), de manera que en las capillas del transepto y de la girola se crean cinco salas de exposición a dos alturas distintas, la inferior en contacto con la roca natural y los restos arqueológicos, y la superior formando nuevos espacios similares a las propias capillas originales del templo.

En el sótano del transepto se han dejado visibles todos los restos constructivos exhumados arqueológicamente y se han hecho visitables mediante un sistema de pasarelas de madera que los recorre en toda su longitud, configurando un itinerario visitable y musealizado que permite la contemplación de la historia de la ciudad de Gasteiz.

Para completar el suelo de la Catedral se ha continuado con el sistema ya propuesto en la obra de las naves: construcción de un conjunto de arcos codales que arriostran las bases de los pilares para estabilizarlos en toda su altura y dan soporte a un forjado de madera de roble aserrada en viguetas y entarimado final, formando el piso útil del templo.

Como elemento singular de esta obra, en el crucero y el presbiterio se ha construido una gran bóveda de cantería apoyada en pilares exentos situados en el sótano, sobreelevada respecto al nivel principal del templo, y donde se ubican el altar mayor, el ambón, la sillería de coro y la sede del obispo, estos últimos restauración y recolocación de los originales del siglo XIX que estuvieron colocados a los pies de la nave central, si bien nosotros ya los encontramos instalados en el presbiterio, a donde debieron ser trasladados hacia los años 20 del siglo pasado