Precisamente la previsión de ese mal estado que ya podíamos casi asegurar tras la primera fase de excavaciones nos llevó a extremar la prudencia en el aseguramiento de la estabilidad de la Catedral mediante la colocación de un conjunto de pórticos de contrarresto entre todos los pilares y pilastras de la Catedral que impidiera el posible desplazamiento lateral de la base de alguno de ellos, al tocar su cimiento durante la investigación arqueológica. Aprovechando esos pórticos se instaló un sistema de circulación por encima del nivel del piso de la Catedral, apto tanto para la visita turística a las excavaciones y a la obra de restauración como para la ejecución de los trabajos en éstas, facilitando una serie de puentes grúa para el movimiento de materiales y un conjunto de guías para la fotogrametría de los restos aparecidos.
Junto a esos apeos se instalaron otros en las zonas más inestables del conjunto: sendos castillos de apuntalamiento de veinte metros de altura junto a la portada de Santa Ana y en la desaparecida capilla de los Reyes, y otros dos refuerzos en forma de cartabón postensable en los contrafuertes noreste y suroeste del tramo alto de la nave del transepto. Y se instaló una estructura de descarga del apuntalamiento y protección de las bóvedas del brazo sur del transepto, montados previamente en la primera obra de emergencia para evitar la posible caída de material de esas bóvedas, prevista como posible por los estudios previos estructurales efectuados por los ingenieros Giorgio Croci y Giuseppe Carlucio en 1995.
Todas estas estructuras se hicieron con acero y con uniones atornilladas para permitir su fácil desmontaje posterior, sin tener que recurrir a sopletes o máquinas de corte que podrían ocasionalmente dañar los materiales históricos a los que se fijan. Y como en el caso de los acodalamientos inicialmente dispuestos, todos estos sistemas de apeo se han ido retirando en el plazo de los últimos tres años, según han ido avanzando las obras de consolidación definitiva de las fábricas y hemos podido dar por estabilizada estructuralmente la Catedral en su conjunto. Solo el contrarresto del hastial norte del transepto queda por desmontar, hasta la consolidación de esta parte del edificio que se ha de hacer previsiblemente durante el año 2015.