Ese proceso se inició ya en el año 1997, durante la redacción del Plan Director, con una primera obra de reparación de las cubiertas, muy estropeadas en aquel momento, cuando llegaba a "llover" dentro de la Catedral por la acumulación de agua desde las goteras a los senos de las bóvedas, filtrándose por las juntas de éstas.

La reparación consistió en tres tareas principales: un refuerzo preventivo de los nudos de las cerchas de la cubierta central, con apeo de algunos puntos mal apoyados; un retejo y reparación de las cumbreras y canales, acompañado de la colocación de una línea de vida en el alero para permitir posteriores tareas de mantenimiento, que efectivamente se han venido realizando ya desde entonces con asiduidad; y una modificación del sistema de conducción y evacuación del agua de lluvia a través de la Catedral y hasta el alcantarillado público.