Garai horretan hasi ziren, era berean, ikerketa arkeologikoak. Barruko eta kanpoko hormen irakurketa estratigrafiko osoa egin zen eta bi indusketa-eremu ireki ziren: lehena girolan, burutu gabe utzi zena, horren amaiera aldare nagusi osoaren indusketarekin batera koordinatzeko –gaur egun egina dago–, eta bestea, korupearekiko tarte mugakidean, habearteko zutabeen eraikuntza-kalitate txarra agerian uzten hasi zena.
Horren ondoren, 2001. eta 2002. urte bitartean, habearteen areto osoan indusketak egin ziren, eta bertako zimenduen egoera oro har oso tamalgarria zela ikusi zen. Era berean, katedralaren aurreko beste eraikin batzuen eraikuntza-arrastoak aurkitu ziren: Erdi Aroko harresia, murru-barruko eliza erantsiarekin; egurrezko etxolen zimenduen arrastoak; eta bestelako elementuak.
2003. eta 2007. urte bitartean, indusketa-lanak egin ziren Katedralaren aldare nagusi osoan. Horiei esker, XII. mendeko hiriaren defentsa-sistemarekin lotutako eraikuntza-arrasto interesgarriak aurkitu ziren; zehazki, honako hauen arrastoak: harresi-sistema bat, babes-erretenak eta dorre albarranoak, ziur asko nafarroako eraikuntza-estilokoak, gaztelatarren konkistaren aurrekoak eta orain Katedrala den eliz gotortu berria eraiki aurrekoak.
Ohikoa denez, indusketa-lanen ondorioz garai askotako giza hondarrak azaleratu dira, eta horien azterketa egokiaren bitartez, Gasteizko biztanleriari buruz oso informazio baliotsua ematen ari dira, Goi Erdi Arotik hasita garai modernoan barne-barnean sartu arte.
