Burualdeko indusketa arkeologikoa burutu ondoren, eta eremu bereko oinarrizko egitura sendotu ondoren, eraikinaren atal horren funtzionaltasuna leheneratu zen. Horretarako, Katedrala zoru berri batez hornitu zen tenpluaren mailan, eta hainbat eremu bisitagarri ezarri ziren horren azpian.
Sotoetan harrilanezko hainbat ganga ezarri ziren, indusketa-lanean guztira irabazitako eremuaren erdi-mailako altueran (8 metroko altuera, gutxi gorabehera). Horren bitartez, transeptuko eta girolako kaperetan bost erakusketa-areto sortu ziren, bi maila desberdinetan: behe-mailan, arroka naturalarekin eta arrasto arkeologikoekin kontaktuan, eta goi-mailan, tenpluaren jatorrizko kaperen antzeko eremu berriak osatuta.
Transeptuaren sotoan arkeologia-lanen bidez azaleratutako eraikuntza-arrasto guztiak ikusgai utzi ziren, eta horiek bisitatzeko aukera ahalbidetu zen, luzera osoan zehar hedatutako egurrezko pasabide-sistema baten bitartez, Gasteizko hiriaren historia ikusteko aukera emango zuen museo bihurtutako ibilbide bisitagarri bat egituratuz.
Katedralaren zorua burutzeko, habearteen obran jada proposatutako sistemarekin jarraitu zen. Izan ere, zutabeak altuera osoan egonkortzeko, horien oinarriak txarrantxatzen zituzten eskoratze-arku batzuk eraiki ziren, eta horien bitartez ere, euskarri eman zitzaion habexketan zerratutako haritz-egurrezko forjatuari eta amaierako tronadurari, tenpluaren zoru erabilgarria osatuz.
Obra horren elementu berezi gisa, gurutzerian eta presbiterioan harrilanezko ganga handi bat eraiki zen, sotoan kokatutako zutabe exentuetan oinarritua, tenplu nagusiaren mailarekiko goratua eta aldare nagusia, anboia, koru-sileria eta apezpikuaren egoitza bere baitan hartzen zituena. Azken horiek XIX. mendeko jatorrizkoak ziren, zaharberrituak eta berriz kokatuak, berez habearte zentralaren oinetan kokatuta egon zirenak, baina guk jada presbiterioan aurkitu genituenak, aurreko mendeko 20ko hamarkadan lekualdatu omen baitzituzten.
