Cette opération a démarré dès 1997, lors de la rédaction du Plan Directeur, par un premier chantier de réparation des couvertures, très endommagées à cette époque. Il « pleuvait » même dans la cathédrale suite à l'accumulation d'eau provenant des gouttières dans les poches des voûtes, en s'infiltrant entre leurs joints.
La réparation a envisagé trois axes principaux. En premier, un renforcement préventif des nœuds des cerces de la couverture centrale, avec étaiement de quelques points faiblement soutenus. En deuxième, un remaniement des tuiles et une réparation des faîtages et gouttières s'accompagnant de la pose d'une ligne de vie sur l'auvent pour permettre des travaux d'entretien par la suite, travaux qui ont d'ailleurs été régulièrement effectués depuis. Enfin, une modification du système de canalisation et évacuation des eaux de pluie à travers la cathédrale et jusqu'aux égouts de la ville.
