En parallèle à cette réparation des fondations et restitution du sol de la cathédrale, l'aménagement de la crypte inférieure de la chapelle du Christ a été effectué afin de servir de panthéon funéraire des évêques du Diocèse de Vitoria. Un escalier donne accès à la galerie d'entrée, escalier qui existait mais était inconnu jusqu'au moment des fouilles archéologiques effectuées en 2002-2004. Il donne également accès à l'espace proprement dit semi souterrain en dessous de la chapelle, qui était auparavant utilisé comme espace funéraire, peut-être par les fondateurs mêmes de la chapelle. Une chambre funéraire en bronze a été installée dans cet espace, en mesure d'accueillir jusqu'à neuf sarcophages avec les restes des évêques de Vitoria décédés à ce jour (6) ou qui décéderont à l'avenir.
