Après avoir complété les fouilles archéologiques du chevet et après avoir réalisé la consolidation structurelle de base de cette même partie, le réaménagement fonctionnel de cette partie de l'édifice a été entrepris. Il a fourni à la cathédrale un nouveau sol au niveau de l'église et une série de nouveaux espaces de visite en-dessous.
Un ensemble de voûtes en pierre de taille a été exécuté dans les sous-sols à la hauteur intermédiaire de l'espace total gagné lors des fouilles (quelque 8 mètres de hauteur), de sorte que cinq salles d'exposition à deux hauteurs différentes ont été créées dans les chapelles du transept et du déambulatoire. La salle inférieure est en contact avec la roche naturelle et les restes archéologiques, et la salle supérieure forme de nouveaux espaces similaires aux chapelles originales de l'église.
Le sous-sol du transept a laissé apparents tous les restes de constructions exhumés lors des fouilles archéologiques. Ils se visitent grâce à un système de passerelles en bois qui les parcourt sur toute leur longueur, formant un itinéraire de visite muséalisé qui permet d'apprécier l'histoire de la ville de Gasteiz.
Les travaux du sol de la cathédrale ont utilisé le même système employé pour les nefs : construction d'un ensemble d'arcs en étrésillons qui contreventent les bases des piliers pour les stabiliser sur toute leur hauteur et soutiennent un plancher en chêne scié en solives et parquet final, qui forme le plancher utile de l'église.
Dans la croisée et le presbytérium, une grande voûte en pierre de taille - élément singulier de chantier - appuie sur des piliers isolés situés au sous-sol. Elle est surélevée par rapport au niveau principal de l'église et accueille le maître-autel, le pupitre, les stalles du chœur et le siège de l'évêque. Les originaux du XIXe siècle étaient situés aux pieds de la nef centrale et ont été déplacés dans les années 1920 dans le presbytérium. Ils ont été restaurés et remis en place.
